珠三角工业的高速发展，使坐拥地理优势和通关便利的深圳保税区，成为境内外知名物流企业和跨国公司采购中心的理想栖居地。深圳“保税物流”逐步从过去简单加工和仓储，升华为集存储、运输、装卸、包装、贴标签、拼柜、货物采购、分拨、配送和物流信息处理于一体的现代物流板块。

顺应形势发展需要，深圳海关不断完善保税区监管模式，频频实行重大通关改革：

在福田保税区一号进出境通道安装自动核放系统，车辆通关仅用5秒；

对福田保税区三号门监管场地进行改造，并对海关监管实施“前置后移”式改革，解决了三号门从启用开始就存在的通关堵塞问题，提高了通关效能；扶持重点大企业，促成联想集团VMI项目在福田保税区正式运作，同时设立信任通关企业专用通道，为联想等重点大企业提供便捷、高效、个性化服务，促进保税区第三方物流业的飞跃发展；

在沙头角保税区，海关安装电子自动核放系统，实行电子闸口管理，用电子围网突破物力围网，区内企业可24小时进出保税区；

与此同时，深圳海关还采取延长保税区通关时间、节假日预约通关等措施，使深圳保税区真正实现了365天无障碍通关，打通了“保税物流”的通关瓶颈。